Süper Ajanlar, çalınan değerli bir metaryelin peşine düşen iki ajanın hikayesini konu ediyor. Yetenekli ama asi bir ajan olan Vladimir, çaylak bir ajan olan Hector ile birlikte çalışmaya başlar. Özel bir metaryel olan Radiuzite'ın çalındığı haberini alan Vladimir ve Hector, vakit kaybetmeden araştırmalara başlar. Radiuzite'yi bulmaya çalışan ekip, kendilerini zorlu bir mücadelenin içinde bulur.